科研項目：
國家自然科學基金面上項目(2020.01~2023.12), 個人護理品時間依賴Hormesis及在混合物中的傳遞規(guī)律與機理探索(21976139)，主持
國家重點研發(fā)計劃項目子課題(2018.12~2021.12)，混合污染物聯(lián)合作用劑量-效應(yīng)評價模型研究(2018YFC1603003-02)，負責
十三五水體污染控制與治理重大專項子課題(2017-2020)，標準外污染物濃度限值研究(2017ZX07201005)，負責
國家自然科學基金面上項目(2017~2020)，多元混合物合理有效表征及混合毒性預(yù)測模型研究(21677113)，主持
國家自然科學基金重點項目(2015~2019)，土壤結(jié)合態(tài)農(nóng)藥的生物可利用性與潛在毒性(21437004)，骨干
國家自然科學基金面上項目(2014~2017)，低劑量離子液體及相關(guān)混合物非單調(diào)劑量-效應(yīng)曲線與分子機理研究(21377097)，主持
高等學校博士學科點專項科研基金(2013~2015)，部分離子液體及其混合物產(chǎn)生低劑量刺激的時間依賴性與分子機制研究(20120072110052),主持
國家自然科學基金面上項目(2012~2015)，非等效應(yīng)非單調(diào)濃度-響應(yīng)關(guān)系混合物通用濃度加和模型(21177097),主持
國家自然科學基金面上項目(2010~2012)，基于效應(yīng)分析的混合物整合加和預(yù)測模型研究 (20977065) ,主持
十一五水體污染控制與治理重大專項子課題(2008-2011)，區(qū)域飲用水源特征污染物研究與風險綜合評價(2008ZX07421-001)，負責
國家自然科學基金面上項目(2008~2010)，含J型劑量效應(yīng)譜的低劑量混合污染物毒性相互作用研究(20777056),主持
國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃專題課題(2008~2010)，基于熒光素酶的混合污染物毒性測試技術(shù)(2007AA06Z417)，主持
上海市重點基礎(chǔ)研究項目(2006~2008)，低劑量混合POPs分析毒理與預(yù)測模型研究(06JC14067),主持
國家自然科學基金面上項目(2006~2008)，對稱三嗪污染混合物聯(lián)合毒性及方法學研究(20577023)，主持
廣西新世紀十百千人才基金(2005~2007)，有機污染混合物毒性評價與分析方法學研究(2003208)，主持
國家973項目骨干人員基金(2004~2008)，南京市大氣氣溶膠中持久性有機污染物污染特征及變化規(guī)律(2003CB415002)，負責
國家優(yōu)秀博士學位論文作者專項基金(2004~2008)，低劑量有機混合物毒性預(yù)測基礎(chǔ)研究(200355)，主持
廣西高校學科帶頭人基金(2003~2006)，優(yōu)化試驗設(shè)計在混合有機污染物毒性評價中的應(yīng)用，主持
國家863項目子課題(2002~2005)，環(huán)境內(nèi)分泌干擾物結(jié)構(gòu)-劑量-效應(yīng)三維模型 (2001AA646010-4)，負責
廣西自然科學基金項目(2002~2005)，三維分子電性距離矢量構(gòu)建與環(huán)境內(nèi)分泌干擾物活性相關(guān)(0236063)，主持
中國博士后基金(2001~2003)，分子結(jié)構(gòu)有效表征與EDCs活性相關(guān)研究，主持
教材/專著：
尹大強, 劉樹深, 桑楠, 張效偉著. 持久性有機污染物的生態(tài)毒理學，北京：科學出版社, 2019年1月
劉樹深著. 化學混合物毒性評估與預(yù)測方法, 北京：科學出版社, 2017年9月
尹大強, 林志芬, 劉樹深等譯. 生態(tài)風險評價(第二版), 北京: 高等教育出版社, 2011年6月
劉樹深著. 有機物分子電性距離矢量表征及其應(yīng)用, 北京: 高等教育出版社, 2005年08月.
劉樹深, 易忠勝編著. 基礎(chǔ)化學計量學, 北京: 科學出版社, 1999年8月.
專利與軟件著作權(quán)：
1. 同濟大學(發(fā)明人:盧冰清，劉樹深，王澤君). 多函數(shù)非線性擬合構(gòu)建環(huán)境污染物物種敏感度分布軟件[簡稱：MSSD]1.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第4468310號, 登記號: 2019SR1138829，No. 04766398), 2019年11月11日。
2. 同濟大學(發(fā)明人:王澤君，劉樹深). 環(huán)境污染混合物預(yù)測無效應(yīng)濃度計算軟件[簡稱：mPNEC]1.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第4468310號, 登記號: 2019SR1047553，No. 04615136), 2019年10月15日。
3. 劉樹深，王澤君。J-型和S-型劑量-效應(yīng)模型通用擬合軟件[簡稱：JSFit]1.0。計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第3123293號, 登記號: 2018SR794198，No. 03038739), 2018年09月29日。
4. 發(fā)明人：劉樹深，李愷，馮利. 批量土壤淋溶實驗裝置：中國，201621131696.2 [P]. 2017-03-02.申請?zhí)柣驅(qū)＠枺?/span>201621131696.2；授權(quán)通知書發(fā)文號：2017022500089460，發(fā)文日期：2017.03.02。專利權(quán)人: 同濟大學。
5. 同濟大學(發(fā)明人:劉樹深). 化學混合物毒性評估與預(yù)測軟件[簡稱：APTox]5.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第1554196號, 登記號: 2016SR375580，No. 01369071), 2016年12月15日。
6. 劉樹深. 單調(diào)劑量-效應(yīng)曲線混合物預(yù)測盲區(qū)毒性評估軟件[簡稱：PBZoneS], V1.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第0958338號, 登記號: 2015SR071252，No. 00700184), 2015年04月29日。
7. 同濟大學(發(fā)明人:劉樹深). 化學混合物毒性評估與預(yù)測軟件[簡稱：APTox]4.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第0660947號, 登記號: 2013SR155185，No. 00388104), 2013年12月24日。
8. 劉樹深. 化學混合物毒性評估與預(yù)測軟件[簡稱：APTox], V3.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第0486106號, 登記號: 2012SR118070，No. 00201592), 2012年12月03日。
9. 劉樹深. 基于排序VIP的變量選擇與模型化軟件[簡稱：VIPLS], V1.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第0411872號, 登記號: 2012SR043836), 2012年05月26日。
10. 同濟大學(發(fā)明人: 覃禮堂, 劉樹深). 整合加和模型評估混合物毒性軟件[IMTox], V1.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第0276661號, 登記號: 2011SR012987), 2011年03月16日。
11. 劉樹深. 化學混合物毒性評估與預(yù)測軟件[簡稱：APTox], V2.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第0228760號, 登記號: 2010SR040487), 2010年08月11日。
12. 發(fā)明人：竇容妮, 劉樹深, 朱祥偉, 袁靜. 一種檢測二元混合物相互作用模式的多維等效應(yīng)線圖法. 申請?zhí)?/span>: 201010541596.8, 申請日: 2010年11月12日, 申請人: 同濟大學.
13. 發(fā)明人：朱祥偉, 劉樹深, 葛會林, 張麗芬. 基于青海弧菌Q67的環(huán)境污染物長期微板毒性分析法. 申請?zhí)?/span>: 201010230715.8, 申請日: 2010年07月20日, 申請人: 同濟大學.
14. 劉樹深.混合污染物微板毒性檢測實驗設(shè)計軟件[簡稱：EDMTM], V1.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(證書號：軟著登字第089594號, 登記號: 2008SR02366), 2008年01月31日。
15. 劉樹深. 化學混合物毒性評估與預(yù)測軟件 V1.0 [簡稱：APTox]. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(軟著登字第062731號, 登記號: 2006SR15065), 2006年10月30日.
16. 劉樹深, 王曉棟, 尹大強, 張愛茜, 王連生. 基于預(yù)測的變量選擇與模型化應(yīng)用軟件 V1.0 [簡稱：VSMP]. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(軟著登字第035973號, 登記號: 2005SR04472), 2005年05月09日.
17. 劉樹深, 尹大強, 王曉棟, 張愛茜, 王連生. 有機污染物活性估計與預(yù)測軟件[簡稱：EPAOC] V1.0. 計算機軟件著作權(quán)登記證書(軟著登字第016560號, 登記號: 2003SR11469), 2003年11月06日.
代表性學術(shù)論文：
至2020年底，已在國內(nèi)外學術(shù)刊物上發(fā)表學術(shù)論文255篇，其中第一作者或通訊作者176篇，SCI收錄134篇(一作或通訊100篇)，H影響因子26(按一作與通訊計)。近年代表性學術(shù)論文如下：
Wang, Z. J.; Liu, S. S.*; Feng, L.; Xu, Y. Q. BNNmix: a new approach for predicting the mixture toxicity of multiple components based on the back-propagation neural network. Science of the Total Environment, 2020, 738: 140317.
Xu, Y. Q.; Li, K.; Wang, Z. J.; Liu, S. S.*The weak magnetic field (WMF) enhances the stimulation of polymyxin B sulfate (POL) on Vibrio qinghaiensis sp.-Q67. Environmental Sciences Europe, 2020, 32(1): 11.
Lu, B. Q.; Liu, S. S.*; Wang, Z. J.; Xu, Y. Q. Conlecs: A novel procedure for deriving the concentration limits of chemicals outside the criteria of human drinking water using existing criteria and species sensitivity distribution based on quantitative structure-activity relationship prediction. Journal of Hazardous Materials, 2020, 384, 121380.
鄭喬峰, 居珍, 劉樹深*. 敵敵畏及其代謝產(chǎn)物對青海弧菌和秀麗線蟲的聯(lián)合毒性. 化學學報, 2019, 77(10): 1008-1016.
Qu, R.; Liu, S. S.*, Li, T.; Liu, H. L. Using an interpolation-based method (IDVequ) to predict the combined toxicities of hormetic ionic liquids. Chemosphere, 2019, 217, 669-679.
Xu, Y. Q.; Liu, S. S.*; Wang, Z. J.; Li, K.; Qu, R. Commercial personal care product mixtures exhibit hormetic concentration-responses to Vibrio qinghaiensis sp.-Q67. Ecotoxicology and Environmental Safety, 2018, 162: 304-311.
Wang, Z. J.; Liu, S. S.*; Ru, R. JSFit: a method for the fitting and prediction of J- and S-shaped concentration-response curves. RSC Advances, 2018, 8(12), 6572-6580.
Li, T.; Liu, S. S.*; Ru, R.; Liu, H. L.. Global concentration additivity and prediction of the mixture toxicities: taking nitrobenzene derivatives as an example. Ecotoxicol. Environ. Saf. 2017, 144：475-481.
Feng, L.; Liu, Liu, S. S.*; Li, K.; Tang, H. X.; Liu, H. L.*. The time-dependent synergism of the six-component mixtures of substituted phenols, pesticides and ionic liquids to Caenorhabditis elegans. J. Hazard. Mater. 2017, 327: 11-17.
Liu, S. S.*; Li, Kai; Li, T.; Qu, R. Comments on "The synergistic toxicity of the multi chemical mixtures: Implications for risk assessment in the terrestrial environment". Environ. Int. 2016, 94: 396-398.
Tang, H. X.; Liu, S. S.*; Li, K.; Feng, L. Combining the normalization with the uniform design-based ray procedure and combination index to investigate synergistic lethal toxicities of ternary mixtures on Caenorhabditis elegans. Anal. Meth. 2016, 8(22): 4466-4472.
Liu, S. S.*; Xiao, Q. F.; Zhang, J.; Yu, M. Uniform design ray in the assessment of combined toxicities of multi-component mixtures. Sci. Bull. 2016, 61(1): 52-58.
Chen, F.; Liu, S. S.*; Yu, M.; Qu, R.; Wang, M. C. Blocking the entrance of AMP pocket results in hormetic stimulation of imidazolium-based ionic liquids to firefly luciferase. Chemosphere 2015, 132: 108-113.
Liu, L.; Liu, S. S.*; Yu, Mo; Chen, F. Application of the combination index integrated with confidence intervals to study the toxicological interactions of antibiotics and pesticides in Vibrio qinghaiensis sp.-Q67. Environ. Toxicol. Pharmacol. 2015, 39(1): 447-456.
陳浮; 劉樹深*; 段欣甜. 青海弧菌熒光素酶蛋白三維分子結(jié)構(gòu)的分子模擬研究. 化學學報, 2013, 71(7), 1035-1040.
Zhang, J.; Liu, S. S.*; Yu, Z. Y.; Liu, H. L.; Zhang, J. The time-dependent hormetic effects of 1-alkyl-3-methylimidazolium chloride and their mixtures on Vibrio qinghaiensis sp. -Q67. J. Hazard. Mater. 2013, 258-259, 70-76.
Zhu, X. W.; Liu, S. S.*; Qin, L. T.; Chen, F.; Liu, H. L. Modeling Non-monotonic Dose-effect Relationships: Model Evaluation and Hormetic Quantities Exploration. Ecotoxicol. Environ. Safety 2013, 89, 130-136.
劉樹深*; 張瑾; 張亞輝; 覃禮堂. APTox: 化學混合物毒性評估與預(yù)測.化學學報, 2012, 70(14), 1511-1517.
Dou, R. N.; Liu, S. S.*; Mo, L. Y.; Liu, H. L.; Deng, F. C. A novel direct equipartition ray design (EquRay) procedure for toxicity interaction between ionic liquid and dichlorvos. Environ. Sci. Pollut. Res. 2011, 18(5), 734-742.
Ge, H. L.; Liu, S. S.*; Zhu, X. W.; Liu, H. L.; Wang, L. J. Predicting Hormetic Effects of Ionic Liquid Mixtures on Luciferase Activity Using the Concentration Addition Model. Environ. Sci. Technol. 2011, 45(4), 1623-1629.
Qin, L. T.; Liu, S. S.*; Zhang, J.; Xiao, Q. F. A novel model integrated concentration addition with independent action for the prediction of toxicity of multi-component mixture. Toxicology 2011, 280(3), 164-172.
Zhang, Jin; Liu, S. S.*; Dou, R. N.; Liu, H. L.; Zhang, J. Evaluation on the toxicity of ionic liquid mixture with antagonism and synergism to Vibrio qinghaiensis sp.-Q67. Chemosphere 2011, 82(7), 1024-1029.
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Qin, L. T.; Liu, S. S.*; Liu, H. L.; Zhang, Y. H. Support vector regression and least squares support vector regression for hormetic dose-response curves fitting. Chemosphere 2010, 78(3), 327-334.
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Zhu, X. W.; Liu, S. S.*, Ge, H. L.; Liu, Yan. Comparison between the Short-Term and the Long-Term Toxicity of Six Triazine Herbicides on Photobacteria Q67. Water Res. 2009, 43(6), 1731-1739.
朱祥偉, 劉樹深*, 葛會林, 劉堰. 劑量-效應(yīng)關(guān)系兩種置信區(qū)間的比較. 中國環(huán)境科學, 2009, 29(2), 113-117.
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Liu, S. S.; Yin, C. S.; Cai, S. X.; Li, Z. L. QSAR Study of Steroid Benchmark and Dipeptides Based on MEDV-13. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001, 41(2), 321-329.
Liu, S. S.; Liu, H. L.; Yu, B. M.; Cao, C. Z.; Li, Z. L. Investigation on Quantitative Relationship between Chemical Shift of Carbon-13 Nuclear Magnetic Resonance Spectra and Molecular Topological Structure Based on a Novel Atomic Distance-Edge Vector (ADEV). J. Chemom. 2001, 15(5), 427-438.
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劉樹深, 劉堰, 李志良, 蔡紹皙. 一個新的分子電性距離矢量(MEDV). 化學學報 2000, 58(11), 1353-1357.
Liu, S. S.; Liu, H. L.; Xia, Z. N.; Cao, C. Z.; Li, Z. L. Molecular Distance-Edge Vector (μ): An Extension from Alkanes to Alcohols. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39(6), 951-957.
Liu, S. S.; Cao, C. Z.; Li, Z. L. Approach to Estimation and Prediction for Normal Boiling Point (NBP) of Alkanes Based on a Novel Molecular Distance-Edge (MDE) Vector, l. J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1998, 38(3), 387-394.
LSS指導獲得碩士博士學位名單：
已畢業(yè)博士: 李愷, 屈銳, 陳浮, 張晶[女], 朱祥偉, 張永紅[女], 覃禮堂, 張瑾[女], 葛會林, 王麗娟[女], 趙欣, 張亞輝[女], 崔世海(13人)
已畢業(yè)碩士: 王宇[女], 盧冰清[女],居珍[女],鄭喬峰, 樊燁[女], 馮利, 唐含笑[女], 余沫[女], 劉玲[女], 劉雪[女], 霍向晨[女], 王猛超, 王成林, 袁靜[女],李曉磊, 張麗芬[女] , 仝娟[女], 竇容妮[女], 張晶[女], 鄧輔財, 宋曉青[女], 覃禮堂, 黃偉英[女], 劉芳[女], 莫凌云[女], 覃記杰, 王宇[女], 葛會林, 劉保奇, 劉紅艷[女], 吳園園[女], 易忠勝, 張倩[女] (33人)
指導本科畢業(yè)論文: 馬雯萱[女], 蔣玉涵[女], 李彤[女], 段欣甜[女] , 楊可[女], 林楠[女], 霍向晨[女], 樸瑩男, 王金承, 徐卿[女], 張瓊[女], 高音旋[女], 陳玨[女],竇容妮[女], 覃禮堂, 黃偉英[女], 劉芳[女], 劉保奇 (18人)
在讀博士生: 丁婷婷[女], 顧中瑋,黃朋, 王澤君, 徐雅倩[女] (5人)
在讀碩士生: 孫霄[女], 蘆笙 (2人)
目前導師制本科生: 張沁雨[女], 吳暢, 謝宇[女] (3人)
